在硅藻土过滤法中，硅藻土自身具有许多天然的小孔，滤层中不规则的孔道较长，且密集分布于整个滤饼层，从而可以吸附容纳较多的微细粒子，从而提高过滤的质量。
过滤是由筛分和吸附两部分组成。在操作中，硅藻土分预涂层和过滤层吸附在滤片外的滤布上，形成不可压缩、具有无数错综交叉微细孔道的滤饼层。过滤时滤液中的大杂质由于无法通过相对较小的滤孔而被截留在滤饼层外表面，称为筛分过程。细小粒子则进入滤饼层，在弯曲错综的孔道中被吸附截留，称为吸附过程。从而获得澄清的透过料液。当滤机过滤压力增大时，表示滤层中的部分滤孔已经被堵塞了，这时通过向滤机内加硅藻土形成新的滤层，以延续过滤。当滤饼层孔隙大部分被堵塞，过滤速率降低后，清除滤饼，预涂新的滤饼层再进行过滤。当对分为预涂层和过滤层滤饼过滤后的观察，可以发现大部分杂质的滤除是由筛分进行的，被截留在滤孔这外，滤孔内很少被吸附的杂质。
